伊斯兰教在高昌的传播，从14世纪就开始了。但吐鲁番地区整个改奉伊斯兰教，则是在15世纪之后。

　　在这之前，佛教在吐鲁番盆地盛行了一千多年。由于这里的居民对佛教的虔诚弘宣和突出建树，使高昌成为与塔里木盆地周缘龟兹、于阗、鄯善(楼兰)齐名的四大佛教文化中心，而长时期扬名于西域和东土。

　　同时，吐鲁番的古代居民，还信仰过萨满教、摩尼教、景教、袄教等多种宗教,斯兰教于10世纪传入新疆喀什噶尔，接着就开始自西而东、由南往北地迅速向前推进。但是在吐鲁番盆地，却遭到佛教势力的顽强抵抗。

　　当时统治着别失八里(今吉木萨尔)的察合台汗，已经改奉伊斯兰教，成为虔诚的穆斯林。据《中亚蒙兀儿史》记载，察合台汗“曾经进行过圣战，攻占契丹的两个边睡重镇哈拉和卓和吐鲁番，强迫当地居民皈依伊斯兰教”。至1407年察合台后王马合麻继位后，更是用武力推行伊斯兰教，北疆地区所有的察合台蒙古人先后都信奉了伊斯兰教。15世纪中叶，吐鲁番蒙古王室及统治下的臣民，主要是当地的畏兀儿人，也全部改奉伊斯兰教。

　　至17世纪吐鲁番归附清朝，额敏和卓被封为郡王后，吐鲁番地区就处在郡王府“政教合一”的统治之下。这一时期，经文学校、清真寺如雨后春笋，遍及吐鲁番、都善、托克逊各地，伊斯兰教深刻地影响着当地人民的精神文化生活。

　　在吐鲁番地区，信仰伊斯兰教的维吾尔、回族、哈萨克等民族的穆斯林已达40多万，约占地区总人口的76％。吐鲁番、鄯善、托克逊城乡的清真寺近千座，专职教职人员约1300人。清真寺不仅是穆斯林宗教活动中心，也成为吐鲁番伊斯兰教建筑艺术的一大景观。